蓟州区纪委监委机关设13个内设机构，主要职责如下：
（一）办公室（研究室）。承担机关文电、会务、档案、财务、后勤保障、国有资产管理、机要、保密、安全保卫等日常运转工作；组织起草有关文件文稿，编发信息；督促检查有关工作部署的落实情况；组织协调人大代表建议和政协委员提案办理工作；负责纪委委员、特约监察员联系工作；负责区纪委监委理论学习中心组集体学习的组织服务工作；承担机关党总支日常工作；协调指导机关工会、共青团、妇联等群团组织工作。负责综合分析全区全面从严治党、党风廉政建设和反腐败工作情况，组织开展重大课题调查研究等工作，起草重大调研报告。负责机关及派驻（出）机构涉案款物保管、处理工作；负责拟定全区纪检监察机关办案装备建设、采购计划；负责有关调查措施使用的联系协调，相关调查措施文书的编号、印章、发放等管理工作；负责机关内外网运行维护和技术保障工作；负责区纪委监委机关有关办案设备的集中管理。
（二）组织部（纪检监察干部监督室）。根据干部管理权限，负责全区纪检监察系统领导班子建设、干部队伍建设和组织建设的综合规划、政策研究、制度建设和业务指导；负责区纪委监委机关各部室及派驻（出）机构领导班子建设、干部人事等工作；会同有关方面，负责乡镇街纪（工）委、区属企事业单位纪检监察机构领导班子建设，指导干部队伍建设和组织建设，承办乡镇街纪（工）委书记、监察组组长，乡镇街纪（工）委副书记、监察组副组长，区属企事业单位纪委（纪检组）书记（组长）、副书记（副组长）的提名、考察；组织和指导纪检监察系统干部教育培训、人才队伍建设工作；负责离退休干部工作；协调办理区管干部任职前回复区委组织部意见工作等。负责监督检查全区纪检监察系统干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等方面的情况。受理在纪检监察系统和巡察机构任职的工作人员涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，提出处置意见并负责问题线索初步核实及立案审查调查工作等。负责纪检监察系统内部督查组织协调工作。
（三）宣传部。负责组织协调全区党风廉政建设和反腐败宣传工作，组织开展相关法律法规、理论政策、形势任务、决策部署、成效经验和先进典型等宣传及舆论引导工作；负责组织协调全区党风廉政建设和反腐败教育工作，开展对党员、公职人员的纪律教育和警示教育，组织协调廉洁文化建设及纪检监察电化教育工作；负责区纪委监委机关的新闻事务，承担区纪委监委新闻发布的日常工作，组织协调全区党风廉政建设和反腐败信息传播工作；负责组织协调全区党风廉政建设和反腐败网络宣传引导工作，定期更新门户网站和微信公众号，协调网信部门做好网络舆情信息收集、研判和处置工作。
（四）党风政风监督室。负责综合协调全区贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等情况的监督检查；综合协调党的政治纪律和政治规矩执行情况的监督检查；综合协调贯彻落实中央八项规定精神、纠正“四风”工作；综合协调整治群众身边和扶贫领域的腐败和作风问题；综合协调党内监督、问责等方面工作，推动管党治党政治责任落实；综合协调区纪委监委机关参与调查的事故、事件中涉及的监督对象违纪违法行为和需要问责情形的调查处理工作；综合分析党风政风监督工作情况，开展调查研究，提出工作建议；组织开展党风政风监督专项检查活动；统筹协调各监督检查室开展监督工作，指导纪检监察系统的党风政风监督工作等。
（五）信访室。负责受理对党的组织、党员违反党纪行为和对行使公权力的公职人员职务违法、职务犯罪行为等的检举、控告；归口受理对区委管理的党的组织和党员干部违反党纪、职务违法和职务犯罪行为等的信访举报，统一接收区纪委监委派驻（出）机构和乡镇街纪（工）委、监察组报送的相关信访举报，分类摘要后将问题线索类信访举报移交案件监督管理室；受理党员对区纪委作出的党纪处分或其他处理不服的申诉、监察对象对区监委作出的涉及本人的处理决定不服的复审申请；综合分析信访举报情况；接待群众来访，处理群众来信和电话网络举报事项等。
（六）案件监督管理室。负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理，履行线索管理、组织协调、监督检查、督促办理、统计分析等职责；统一受理巡察机构和审计机关、行政执法机关、司法机关等单位移交的相关问题线索，实行集中管理、动态更新、定期汇总核对，提出分办意见移交监督检查室、审查调查室；归口管理审查调查工作中与有关部门的联系协调事项，负责交办案件和指定管辖工作；协调提供区管干部党风廉政情况；对调查措施使用进行监督管理，监督检查纪检监察机关依纪依法安全办案、区纪委监委机关涉案款物管理情况等。
（七）第一至第六纪检监察室。主要履行依纪依法监督、执纪审查和依法调查处置的职责。监督检查联系单位领导班子及区管干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规，推进全面从严治党，依法履职、秉公用权、廉洁从政从业以及道德操守等方面的情况；监督检查联系单位党委（党组）落实管党治党主体责任的情况，指导、检查、督促派驻（出）机构落实纪检、监察责任，实施问责；向监察对象所在单位提出监察建议；掌握联系单位政治生态总体情况，建立区管干部廉政档案，协助做好党风廉政意见回复工作；综合、协调、指导联系单位的纪检监察工作；综合分析研判问题线索，按程序提出处置意见，承办违纪或者职务违法、职务犯罪问题线索，并提出处理建议；可以办理下一级监察机关管辖范围内的监察事项等。其中，第六纪检监察室，同时承担反腐败协调小组追逃追赃和防逃工作办公室的职责，做好反腐败追逃追赃和防逃工作的组织协调合作等。
（八）案件审理室（法规室）。负责审理区纪委监委直接审查调查和各乡镇街报批、市纪委监委派驻机构移送的案件，严格依规依纪依法提出处理或者处分意见；承办党员对区纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉案件、监察对象对区监委作出的涉及本人的处理决定不服的申请复审案件，以及其他需要由区纪委监委办理的申诉、复核案件等。起草、修改全区纪检监察法规制度，承担区纪委监委机关法规制度审核、备案和编纂工作；负责纪检监察法规制度的咨询答复、解释指导、立规后评估、备案审查、清理。